Az orvosi mikrobiológia a fertőző betegségek kórokozóit, illetve az emberi test normál flórájában megtalálható organizmusokat továbbá a gazda és a fertőzés kölcsönhatásainak részleteit, módját, lefolyását valamint az ellenük való védekezés, megelőzés lehetőségeit vizsgálja.

Mikrobiológiai vizsgálatok a test különböző részeiről származó mintákból végezhetők. A minta származhat a bőrről, felső légutakból, hüvelyből, vastagbélből, amelyek saját, normál flórával is rendelkeznek, valamint vérből, gerincvelői folyadékból (liquor), vagy punktátumokból, amik normál esetben steril közegek.

A mikrobiológiai vizsgálat eredménye azonban nem jelent önmagában diagnózist, azt minden esetben a vizsgálatot elrendelő szakorvos állítja fel egyéb vizsgálatok eredményeinek ismeretében.